使用PerlPrimer进行高效引物设计
PerlPrimer 是一个免费的开源 GUI 应用程序,旨在简化各种类型 PCR 的引物设计过程,包括标准 PCR、亚硫酸盐 PCR 和实时 PCR。该软件支持从 Ensembl 检索基因组或 cDNA 序列,并包括引物二聚体计算和通过 NCBI 进行 BLAST 搜索等功能。用户可以以与电子表格应用程序兼容的格式保存或导出结果,提高了研究人员的可用性。
该应用程序采用先进的算法来检测开放阅读框 (ORFs) 和 CpG 岛,同时还允许将克隆序列添加到引物中。值得注意的是,PerlPrimer 以高精度计算引物熔解温度,并根据各种 PCR 条件进行调整。它是用 Perl 和 Perl/Tk 开发的,兼容多个平台,包括 Windows、Linux 和 Mac OS X,使其成为生物信息学和分子生物学的多功能工具。